Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 IL17RC-206ENST00000416074 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TMEM14A-201ENST00000211314 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GYG2P1-201ENST00000357871 623 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FXYD6-211ENST00000539526 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SUZ12-204ENST00000580398 3977 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 AC008878.2-201ENST00000601870 942 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
HOXD4P09016 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms