Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
LIMCH1Q9UPQ0 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
LIMCH1Q9UPQ0 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
LIMCH1Q9UPQ0 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
LIMCH1Q9UPQ0 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
LIMCH1Q9UPQ0 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
LIMCH1Q9UPQ0 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
LIMCH1Q9UPQ0 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
LIMCH1Q9UPQ0 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms