Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CORO1A-216ENST00000570045 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SCO1-203ENST00000577427 1601 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CD72-201ENST00000259633 1548 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 HCK-207ENST00000520553 2101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 RBM6-204ENST00000422955 2324 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRF-201ENST00000309099 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 TRIM61-201ENST00000329314 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CHEK2-202ENST00000348295 1771 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC5-201ENST00000287169 4666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CCDC9Q9Y3X0 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 123.8 ms