Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC009477.2-201ENST00000635976 171 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS16-203ENST00000511368 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ALDH3B1-206ENST00000615463 1300 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RHOB-201ENST00000272233 2372 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 B4GALT2-202ENST00000356836 2629 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 AL360181.3-201ENST00000468317 1605 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
CCDC54Q8NEL0 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms