Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ARMC7-203ENST00000581078 1002 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AC132938.5-201ENST00000624980 1813 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 PIH1D1-201ENST00000262265 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AC004817.3-201ENST00000602957 2129 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 NDUFS7-210ENST00000539480 1743 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 HYOU1-212ENST00000532519 2162 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXC11O43248 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.6 ms