Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TIMM17B-202ENST00000396779 1099 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AL805961.1-202ENST00000641562 540 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ANKRD18DP-201ENST00000335478 2171 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 LYRM9-203ENST00000460380 2196 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 WEE1-202ENST00000450114 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S6-202ENST00000562384 494 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ITPKB-203ENST00000429204 6162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 WDR53-203ENST00000429115 683 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 DARS-AS1-203ENST00000438432 768 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AL359317.2-203ENST00000557409 538 ntTSL 4 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms