Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 ANKMY2-206ENST00000628652 1270 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
USP53Q70EK8 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CFC1B-203ENST00000620207 1444 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC17.27■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC17.27■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FAM46A-203ENST00000369756 5537 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SLCO4A1-201ENST00000217159 2776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 FAM91A1-201ENST00000334705 5511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 LINC01615-202ENST00000449466 603 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 COMP-202ENST00000425807 2292 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
USP53Q70EK8 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.1 ms