Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ZBED5-AS1-202ENST00000529014 771 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 FNBP1-202ENST00000420781 5410 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 OGG1-203ENST00000302036 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AC093677.2-201ENST00000600169 1863 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CDK2AP1-207ENST00000618072 1144 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CTSB-202ENST00000353047 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PTPRJ-202ENST00000440289 3158 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 SOD2-206ENST00000452684 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TTLL9-205ENST00000375938 2623 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 MYL6-203ENST00000536128 1221 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TTLL3-209ENST00000426895 2767 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CTSH-201ENST00000220166 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CHMP3Q9Y3E7 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.4 ms