Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 STMN3-202ENST00000540534 2351 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ATIC-205ENST00000435675 2275 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC078883.2-201ENST00000441212 558 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 FAM49B-214ENST00000519540 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 FOXC1-201ENST00000380874 3926 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 COPS7A-210ENST00000539735 1832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 DFNA5-203ENST00000409970 2005 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 DBI-201ENST00000311521 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 IQCJ-SCHIP1-207ENST00000638749 2633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 AC125494.1-203ENST00000396799 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC87Q9NVE4 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC87Q9NVE4 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.6 ms