Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM249-203ENST00000565365 975 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC020913.2-201ENST00000601929 629 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SLCO5A1-201ENST00000260126 9076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KDELC1-201ENST00000376004 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GLG1-201ENST00000205061 8261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CRAT-202ENST00000393384 973 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GABRB2-206ENST00000520240 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 POLR1D-221ENST00000637180 2262 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TAF3-201ENST00000344293 4872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MAP7-203ENST00000438100 2633 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TAF15-211ENST00000604841 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC055811.2-201ENST00000427497 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GSTZ1-204ENST00000393734 1424 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM176A-210ENST00000484928 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 RNF165-206ENST00000590330 1049 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 PIGZ-202ENST00000412723 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 GUCY1A2-201ENST00000282249 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
CCDC54Q8NEL0 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms