Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 C8orf76-201ENST00000276704 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 REM2-202ENST00000536884 1331 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 HLA-DRB6-201ENST00000411500 1235 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPHP3Q7Z494 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 FXYD6-209ENST00000530956 579 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AC019129.2-201ENST00000609837 1235 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 PIGF-201ENST00000281382 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 AL353135.1-201ENST00000606729 504 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 NLRP6-201ENST00000312165 2679 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPHP3Q7Z494 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms