Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PCDHB2-202ENST00000622947 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 GGNBP2-210ENST00000611219 2315 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 VIPR1-201ENST00000325123 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SLC37A2-203ENST00000403796 2910 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ASAH1-255ENST00000637638 699 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TNNC1-201ENST00000232975 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MINPP1-201ENST00000371994 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PGLYRP2-202ENST00000340880 2230 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC15.33■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
USF3Q68DE3 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms