Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC074135.2-201ENST00000600896 510 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TCAP-202ENST00000578283 583 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC009949.1-201ENST00000623048 1830 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CYR61-201ENST00000451137 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CCDC43-201ENST00000315286 2082 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 KDM4B-202ENST00000381759 3058 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 HIST1H2BL-201ENST00000377401 488 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 MRPL20-203ENST00000482352 1049 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TVP23A-210ENST00000612195 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ALG3-201ENST00000397676 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 RELL2-202ENST00000444782 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AC069544.2-201ENST00000640019 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 S100A2-206ENST00000497140 697 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TNFRSF14-AS1-205ENST00000449660 1629 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 NFKBID-210ENST00000606253 1736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HOXC9P31274 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms