Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF1P22415 SLC22A17-204ENST00000397267 2455 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF1P22415 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF1P22415 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
USF1P22415 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 PRODH-215ENST00000610940 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
USF1P22415 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 NBL1-212ENST00000621723 2133 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USF1P22415 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 VIPR2-202ENST00000377633 1491 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 UBR3-201ENST00000272793 8005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USF1P22415 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
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