Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ANKRD65-201ENST00000427211 1976 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PGAP3-206ENST00000579146 2220 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ISLR2-201ENST00000361742 4817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 EIF2B4-210ENST00000493344 1949 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NUMBL-202ENST00000540131 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 C18orf32-201ENST00000318240 1128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CMPK1-205ENST00000471289 816 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 IZUMO4-213ENST00000620263 947 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SEPT9-211ENST00000585930 1387 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
HOXD4P09016 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC16.21■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 DNAJC28-204ENST00000617313 2237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ACVR1B-205ENST00000541224 1791 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC16.2■□□□□ 0.18
HOXD4P09016 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms