Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 SLC7A9-204ENST00000590341 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 CROCCP2-202ENST00000412962 2773 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 COX11P1-201ENST00000489116 835 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 TSPY8-203ENST00000383005 435 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 KCTD12-201ENST00000377474 6225 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 SLC39A13-213ENST00000533076 1805 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 NR1H3-202ENST00000405576 1352 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP28Q96RU2 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AUTS2-201ENST00000342771 6173 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 LIN28AP1-201ENST00000429574 405 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 FAM104A-205ENST00000581110 512 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP28Q96RU2 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.1 ms