Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 WRB-201ENST00000333781 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PP7080-201ENST00000342584 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC104596.1-202ENST00000507486 759 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TXNRD2-218ENST00000542719 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 C22orf39-205ENST00000542103 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 RPL26L1-205ENST00000519974 695 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CCM2-207ENST00000475551 2471 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 RASL10B-201ENST00000603017 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
VPS39Q96JC1 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC002310.5-201ENST00000569360 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 AC009542.2-201ENST00000637483 1189 ntTSL 5 BASIC17.95■□□□□ 0.46
VPS39Q96JC1 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms