Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC14.29□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PMF1-BGLAP-202ENST00000368276 852 ntTSL 3 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC10A3-203ENST00000393586 1893 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC005056.1-201ENST00000435932 532 ntTSL 4 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 FBXL18-203ENST00000453700 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 RCC2P6-201ENST00000526625 1557 ntBASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LRRFIP1-201ENST00000244815 4370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AC008741.2-201ENST00000612792 3115 ntBASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 GNAI2-204ENST00000440628 1663 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
RPUSD4Q96CM3 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TSPY23P-201ENST00000440136 739 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNF420-201ENST00000304239 1945 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
RPUSD4Q96CM3 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms