Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SOST-201ENST00000301691 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KCNQ2-218ENST00000629676 2399 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 LINC01607-201ENST00000607172 621 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC027601.4-201ENST00000611259 610 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RPL13AP23-201ENST00000480739 586 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PLA2G2F-201ENST00000375102 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TYMS-203ENST00000323274 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 LINC00461-203ENST00000504246 2300 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HOXC10-201ENST00000303460 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms