Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 HOXA9-201ENST00000343483 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ACHE-205ENST00000419336 1906 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 YIF1B-204ENST00000392124 1404 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LCAT-201ENST00000264005 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PLK5-201ENST00000334770 2106 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MRPS24-203ENST00000418740 743 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LINC02199-203ENST00000510229 496 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AF228730.7-201ENST00000641842 219 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ADK-206ENST00000541550 2222 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SNAP47-202ENST00000366759 2362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-206ENST00000372077 2834 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC004408.2-201ENST00000623613 2777 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SYS1-202ENST00000372727 813 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 WIZP1-201ENST00000531444 2299 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 APOLD1-202ENST00000356591 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCDC3Q9BQI4 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms