Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TXNRD2-212ENST00000485358 850 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 LRRC25-201ENST00000339007 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 NDUFA12-201ENST00000327772 635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 C1QC-201ENST00000374637 1089 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
USF3Q68DE3 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TXNRD3-202ENST00000523403 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 HFE-210ENST00000470149 1123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AP006621.3-203ENST00000525941 610 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 NF2-203ENST00000353887 1845 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USF3Q68DE3 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms