Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 COPS8-202ENST00000392008 1654 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 KLHL23-201ENST00000272797 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 SPAG7-207ENST00000575142 1094 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC61Q9Y6R9 TOR3A-201ENST00000352445 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ADORA1-209ENST00000640524 653 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 SEMA3B-210ENST00000611067 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ACSM2A-201ENST00000219054 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AZU1-202ENST00000592205 1713 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 TMPRSS5-201ENST00000299882 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 BAIAP2L2-201ENST00000332536 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 GRK6-201ENST00000355472 2939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 LPAR3-201ENST00000370611 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC61Q9Y6R9 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms