Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AK1-203ENST00000373176 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 S100A14-201ENST00000344616 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 FAM239B-201ENST00000381106 1099 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PRELID1P1-202ENST00000567272 903 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CHMP2A-208ENST00000601220 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 UBE2QL1-201ENST00000399816 4317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MATN4-203ENST00000372754 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SLC25A48-201ENST00000274513 1880 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TBC1D3I-202ENST00000618620 1900 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 KANK3-201ENST00000330915 2787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 DPAGT1-203ENST00000409993 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 KCNQ2-205ENST00000360480 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PRR29-207ENST00000580752 458 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TDP2-202ENST00000378198 2071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 RFXANK-205ENST00000456252 1325 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ARID1A-201ENST00000324856 8577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AGBL5-AS1-201ENST00000444217 407 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 KCNN4-209ENST00000615047 2029 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
VPS28Q9UK41 AC135776.1-201ENST00000319817 2481 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms