Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 GMCL1P1-201ENST00000463439 1581 ntBASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MPZ-206ENST00000533357 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 BRMS1L-201ENST00000216807 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RDH5-202ENST00000547072 1054 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AC114341.1-201ENST00000618070 349 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ISG15-203ENST00000624697 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CA9-201ENST00000378357 1618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PRKAR1B-212ENST00000544935 2494 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TEX264-209ENST00000457573 1448 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AL133343.2-201ENST00000457213 370 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SAMD11-210ENST00000616016 2391 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 CCKBR-203ENST00000525462 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 TMPRSS12-201ENST00000398458 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 HBEGF-201ENST00000230990 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
NUP88Q99567 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.6 ms