Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 GNAS-AS1-203ENST00000598163 548 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 KISS1R-203ENST00000606939 964 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MED9-201ENST00000268711 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PDE9A-209ENST00000398227 1606 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 DECR2-202ENST00000424398 1012 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MPI-205ENST00000562606 1052 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MIR3652-201ENST00000579335 131 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PDLIM3-201ENST00000284767 2589 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PIP4K2C-202ENST00000422156 1558 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LINC01700-201ENST00000433952 1598 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 UNKL-204ENST00000389221 5116 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 HNRNPM-201ENST00000325495 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 EXOSC5-201ENST00000221233 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ASF1B-205ENST00000592798 769 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SEMA3B-209ENST00000456560 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 IFT27-201ENST00000340630 1113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 LRRC43-201ENST00000339777 2028 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
VPS28Q9UK41 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms