Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC010336.6-201ENST00000595107 528 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AIRE-201ENST00000291582 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 LDHD-201ENST00000300051 2067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 NAA10-201ENST00000370009 837 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 NAA10-203ENST00000370015 1002 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 EML2-AS1-203ENST00000623430 886 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC068587.10-201ENST00000641210 219 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SNAI3-AS1-205ENST00000568633 2096 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ACADS-201ENST00000242592 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SMPD3-203ENST00000563226 2093 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 GLYCTK-202ENST00000436784 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 GMPR-201ENST00000259727 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 RGS1-203ENST00000469578 1034 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC018845.2-201ENST00000568326 409 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC18.41■□□□□ 0.54
COL9A1P20849 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms