Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 UNG-202ENST00000336865 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
HOXD4P09016 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 C6orf15-201ENST00000259870 1140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PSCA-201ENST00000301258 1020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 KRT18P31-201ENST00000506277 1292 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 GNB1-201ENST00000378609 3132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC16.33■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FGFR1-203ENST00000341462 6054 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SAAL1-201ENST00000300013 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PODXL2-201ENST00000342480 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 GNG5-202ENST00000370645 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.32■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PDE6B-202ENST00000429163 2120 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 OSM-201ENST00000215781 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MAFG-201ENST00000357736 5040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC16.31■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC16.3■□□□□ 0.2
HOXD4P09016 PTN-201ENST00000348225 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms