Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 PLK3-201ENST00000372201 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.97□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 ASB13-201ENST00000357700 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 AL645929.1-201ENST00000420084 975 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 TMEM218-206ENST00000527766 812 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 RNF126P1-202ENST00000569893 925 ntBASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.17
CCDC140Q96MF4 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 MOCS2-202ENST00000396954 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 ARMC10-209ENST00000454559 2347 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 CLEC4G-201ENST00000328853 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC13.96□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 RBCK1-203ENST00000382181 2208 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AC004832.3-202ENST00000439838 1470 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 DAP-202ENST00000432074 1048 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AC005332.3-201ENST00000589904 676 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC13.95□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 Z83836.1-201ENST00000624605 1642 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 INPP5J-205ENST00000404390 2215 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 MYZAP-201ENST00000267853 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
CCDC140Q96MF4 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC13.94□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.4 ms