Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 RAB2A-211ENST00000531289 1058 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CLDND1-204ENST00000394185 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 APEH-202ENST00000438011 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 LEMD2-214ENST00000614475 2883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 DNAJC28-201ENST00000314399 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 FAM3A-204ENST00000369643 1521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MYOZ3-203ENST00000517768 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MFGE8-203ENST00000542878 1172 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 C7orf49-209ENST00000483029 596 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 AC005606.2-201ENST00000564438 614 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CEP78-204ENST00000415759 2623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 KRT8P9-201ENST00000558927 1449 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 ART1-201ENST00000250693 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CIRBP-201ENST00000320936 1328 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 CIRBP-207ENST00000586472 1303 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.49
VPS39Q96JC1 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AL161452.1-201ENST00000415062 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CDX4-201ENST00000373514 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 STN1-201ENST00000224950 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 FCGBP-203ENST00000620799 4926 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ENC1-207ENST00000618628 5657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS39Q96JC1 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms