Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 ELL2-201ENST00000237853 6046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 HIST2H3DP1-201ENST00000401004 416 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 UNC5D-204ENST00000420357 2966 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 YY1AP1-213ENST00000405763 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SLC26A11-212ENST00000572725 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 GHDC-212ENST00000593209 1827 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 PIP4K2A-202ENST00000376573 3802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 PTGIR-201ENST00000291294 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 GUCA1A-205ENST00000541991 1921 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 WDR1-205ENST00000502702 1691 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 PMS2P7-201ENST00000506558 1336 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 EFS-201ENST00000216733 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 ABCG4-206ENST00000622721 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
USP39Q53GS9 BMP8B-201ENST00000372827 4822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms