Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 PSMC3IP-204ENST00000587209 1381 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
HOXC9P31274 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 TPGS2-219ENST00000593035 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 IGKV4-1-201ENST00000390243 538 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 HS6ST1P1-201ENST00000481504 1234 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ETFA-208ENST00000559602 792 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ZCCHC17-205ENST00000615916 1652 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC087500.1-202ENST00000571689 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 DHRS2-201ENST00000250383 1705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 TPD52L1-211ENST00000532429 1022 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MEN1-205ENST00000377316 2868 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
HOXC9P31274 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms