Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SH3TC1-202ENST00000382521 829 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 REEP4-201ENST00000306306 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FAM129C-208ENST00000599164 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 KANSL1L-203ENST00000418791 3562 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CCDC9Q9Y3X0 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 112.3 ms