Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FAM25C-201ENST00000617224 319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ZNF446-203ENST00000594369 2238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MTSS1-203ENST00000431961 1711 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 RHOBTB1-201ENST00000337910 4473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 KCNH1-210ENST00000640044 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MSLN-202ENST00000545450 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 IGF2-206ENST00000418738 934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FGF11-204ENST00000575235 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TRIM63-201ENST00000374272 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AL512343.2-201ENST00000609423 490 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 JMJD7-201ENST00000397299 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 UTP18-201ENST00000225298 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms