Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 WIPI2-211ENST00000484262 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 NDRG2-208ENST00000397851 2022 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 LBHD1-210ENST00000532208 1508 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FCMR-201ENST00000367091 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 LCA10-201ENST00000618311 1392 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MOXD1-203ENST00000392401 2191 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PHGDH-209ENST00000641074 1780 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 TREML1-203ENST00000437044 647 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 ZNF789-202ENST00000379724 510 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC106782.2-201ENST00000563252 992 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 PUF60-201ENST00000313352 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 DPYSL4-202ENST00000368627 1545 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.03
SCN9AQ15858 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 ZNF554-201ENST00000317243 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 AC097376.2-204ENST00000609359 627 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SCN9AQ15858 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
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