Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 HR-201ENST00000312841 5351 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TCP11-228ENST00000611141 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ISLR2-210ENST00000565540 2780 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PNMA6E-201ENST00000445091 2192 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MRPL52-215ENST00000556840 398 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ANKRD34C-AS1-201ENST00000557790 594 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC026471.3-201ENST00000565137 578 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LINC00092-202ENST00000580908 580 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 GFOD2-207ENST00000602855 819 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CLN6-214ENST00000636314 442 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NPBWR1-201ENST00000331251 2687 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 VASH1-201ENST00000167106 5728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
HOXA4Q00056 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PDZD7-203ENST00000470414 1057 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PTK2-216ENST00000519881 863 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LY6E-213ENST00000522528 606 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AKTIP-212ENST00000570004 1162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC124016.1-202ENST00000609575 619 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 PMAIP1-202ENST00000316660 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AL162741.1-201ENST00000565563 1558 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RRN3-205ENST00000563559 2128 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZNF133-212ENST00000622607 2660 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AC067852.2-201ENST00000590513 2313 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 GLDN-201ENST00000335449 4971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AANAT-202ENST00000392492 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ACY1-210ENST00000494103 1298 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 AF186192.2-201ENST00000524514 423 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 ZACN-201ENST00000334586 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
HOXA4Q00056 IMP3-201ENST00000314852 2028 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms