Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA6-203ENST00000602404 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 BLCAP-208ENST00000414542 2205 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 C7orf49-202ENST00000424142 1738 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 EPS8L1-201ENST00000201647 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
CCDC9Q9Y3X0 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 VWA8-AS1-201ENST00000611103 2079 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SYNDIG1L-201ENST00000331628 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 HOXC-AS3-202ENST00000513165 533 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0C-202ENST00000564973 1081 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 NFYC-AS1-201ENST00000606277 1687 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 ACTR5-201ENST00000243903 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 WFIKKN1-201ENST00000319070 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 BCL7A-203ENST00000538010 6247 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 804.9 ms