Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RCAN3-209ENST00000616511 2527 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CCT7-215ENST00000539919 2031 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5A-203ENST00000368594 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 YY1AP1-206ENST00000359205 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC015961.2-201ENST00000589281 701 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 COL18A1-204ENST00000400337 5436 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GOLGA6L10-207ENST00000610657 1705 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 UVSSA-209ENST00000512728 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GAMT-202ENST00000447102 1769 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CEP83-AS1-201ENST00000623122 2482 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K7CL-206ENST00000399928 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC23-202ENST00000323702 1208 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC003075.1-204ENST00000433005 540 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 HMGB3P22-201ENST00000442010 597 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FO681492.1-203ENST00000622861 1362 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ACP6-201ENST00000392988 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 MCUR1-201ENST00000379170 5471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00167-201ENST00000530583 1419 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 LZTS1-203ENST00000522290 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AL157888.1-201ENST00000631930 593 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00683-201ENST00000578803 2221 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 SCNN1D-201ENST00000325425 2679 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM175-222ENST00000622959 1967 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LIMCH1Q9UPQ0 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms