Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ATP6V1D-201ENST00000216442 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AD000671.2-201ENST00000589807 1925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CFC1-203ENST00000621673 1444 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CD177-202ENST00000607855 536 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 KLHDC2-201ENST00000298307 5514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AL590627.1-203ENST00000421194 1026 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HTATSF1-204ENST00000535601 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 LYPD3-201ENST00000244333 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SEMA6C-210ENST00000621728 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 ARMC12-202ENST00000373866 1254 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
USF3Q68DE3 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms