Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
USF3Q68DE3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USF3Q68DE3 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USF3Q68DE3 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USF3Q68DE3 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USF3Q68DE3 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USF3Q68DE3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USF3Q68DE3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USF3Q68DE3 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
USF3Q68DE3 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
USF3Q68DE3 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms