Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIMS1P48059 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
LIMS1P48059 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LIMS1P48059 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LIMS1P48059 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 113.5 ms