Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 PMEPA1-202ENST00000341744 4845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 FADS1-204ENST00000433932 1690 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 AC016757.1-205ENST00000470346 1888 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 KRT15-203ENST00000393976 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 FAM3A-201ENST00000322269 1815 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 AC079781.3-201ENST00000449110 356 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 COX6C-204ENST00000520271 571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 AC104971.2-201ENST00000588144 1209 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 PLAUR-214ENST00000601723 1205 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 TTC34-201ENST00000401095 8814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 FGFBP3-201ENST00000311575 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 LINC01819-201ENST00000422351 2156 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 PRDM8-202ENST00000415738 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
NUP88Q99567 CCT6P1-202ENST00000442266 1317 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 AC113404.2-201ENST00000507884 177 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 BCL2L12-210ENST00000611631 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 PRR5-ARHGAP8-201ENST00000352766 2043 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
NUP88Q99567 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms