Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 WDR45-205ENST00000376358 1432 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 MAP2K5-202ENST00000340972 1491 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 FAM110A-203ENST00000381939 1737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 FAM187B-201ENST00000324675 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AC005332.1-201ENST00000577698 1310 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 EMD-202ENST00000369842 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 RAPH1-201ENST00000308091 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 HPCA-201ENST00000373467 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 FAM86EP-206ENST00000510506 987 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ENDOV-202ENST00000517295 908 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 LY6E-209ENST00000521003 740 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AP000550.4-202ENST00000639755 178 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ASXL1-212ENST00000620121 5374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 HAUS8-202ENST00000448593 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 SLBP-201ENST00000318386 1635 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ADGRB2-212ENST00000527361 4919 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 GAS7-205ENST00000542249 1799 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 SDHAP2-201ENST00000455183 2001 ntBASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 TLCD2-201ENST00000330676 5971 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ISL2-201ENST00000290759 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 BEX1-201ENST00000372728 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 SMIM19-202ENST00000416469 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 RGMB-AS1-201ENST00000498871 1903 ntTSL 2 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.4■□□□□ 0.86
CCDC43Q96MW1 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC20.4■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms