Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 ACTL6A-201ENST00000392662 1899 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AC068472.1-201ENST00000474589 881 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AL096865.1-201ENST00000606796 927 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 NUDT16-201ENST00000502852 1552 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 CHRNA4-201ENST00000370263 5577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 IFNL4-204ENST00000634967 1493 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 FYTTD1-205ENST00000424384 1758 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 FGFR2-204ENST00000356226 3547 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 PCDHB12-202ENST00000622978 2093 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AMZ2-203ENST00000392720 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
COL8A1P27658 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 LPAR2-203ENST00000586703 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 TNFSF14-202ENST00000599359 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 UPP1-203ENST00000395564 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 AC126696.3-201ENST00000563993 575 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL8A1P27658 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms