Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 LRRC61-201ENST00000323078 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CD1E-203ENST00000368156 861 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CYCS-202ENST00000409409 974 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 EMB-204ENST00000508934 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PSTPIP1-203ENST00000558012 1896 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TJP1-208ENST00000495972 2890 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ARRB1-201ENST00000360025 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AL137026.1-202ENST00000452578 1089 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 EDN3-204ENST00000371028 2397 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ZNF623-203ENST00000526926 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MTERF2-202ENST00000392830 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 FAM213A-206ENST00000615554 2213 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PRSS42-201ENST00000429665 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 NECTIN3-AS1-204ENST00000476301 568 ntTSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PDCD6-207ENST00000509581 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AC020909.1-201ENST00000599632 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 KLC1-217ENST00000554280 2426 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ADAMTS8-201ENST00000257359 4010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
USP53Q70EK8 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms