Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MTMR9LP-203ENST00000426597 1545 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AP1AR-202ENST00000309703 2337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MSLN-207ENST00000566549 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ZNF274-212ENST00000617501 2538 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SMN1-204ENST00000506163 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 AL138781.2-201ENST00000617896 1843 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KRT81-202ENST00000615839 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 MRGPRF-AS1-201ENST00000538407 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
USF3Q68DE3 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 KRT89P-201ENST00000620027 1478 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 VAV1-204ENST00000596764 2775 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DNASE1L2-202ENST00000382437 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 BOC-211ENST00000484034 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TMEM218-203ENST00000526175 972 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MALAT1-215ENST00000619449 794 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 DENND1A-203ENST00000373624 5010 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CCNJ-202ENST00000403870 2830 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MRPS7-204ENST00000579761 1717 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 TM2D3-201ENST00000333202 1381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
USF3Q68DE3 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms