Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TFAP4-201ENST00000204517 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 KXD1-201ENST00000222307 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ESPNP-201ENST00000270691 2015 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 USP21-201ENST00000289865 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SNCG-201ENST00000348795 684 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AL133375.1-201ENST00000500590 980 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RGS3-231ENST00000613049 1726 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 DMRT2-201ENST00000259622 2459 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 USP39-201ENST00000323701 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 MXD3-202ENST00000427908 2269 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 STARD3-201ENST00000336308 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 KIF25-AS1-201ENST00000414364 1420 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TMEM198-202ENST00000373883 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AP001107.6-201ENST00000526655 516 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 FAU-209ENST00000531743 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 HCK-202ENST00000375852 2082 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AL031598.1-201ENST00000561511 1773 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 STARD7-AS1-202ENST00000446816 1527 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
COL4A3Q01955 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms