Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC135782.1-201ENST00000537498 2154 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 TMPRSS5-205ENST00000538955 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CROCCP3-202ENST00000420820 1947 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC092338.2-202ENST00000567158 611 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC138894.3-201ENST00000603787 634 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 Metazoa_SRP.104-201ENST00000622099 280 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CTNNBL1-204ENST00000405275 2076 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 EWSR1-208ENST00000414183 2189 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 HDAC11-204ENST00000404040 967 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 MEF2B-202ENST00000409447 1297 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 RN7SL606P-201ENST00000472779 293 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC105202.1-201ENST00000517833 995 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A3R2-208ENST00000566198 1199 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 WNK1-203ENST00000447667 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 BAIAP2-203ENST00000416299 1442 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC018755.2-202ENST00000429354 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC091607.1-201ENST00000490318 1060 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 VEGFA-222ENST00000520948 1199 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 FCGRT-210ENST00000596975 1054 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC243773.1-201ENST00000614759 544 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHG5-212ENST00000537245 4794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 LINC01714-202ENST00000635451 896 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP3Q9Y3E7 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms