Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC234772.2-201ENST00000456532 375 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 KLF6-204ENST00000469435 2169 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CCNA1-202ENST00000440264 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 ZNF787-202ENST00000587279 1657 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SRP19-202ENST00000445150 833 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 MVB12A-211ENST00000529939 1091 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SLC25A20-201ENST00000319017 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SMIM29-206ENST00000476320 1297 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 ALKBH3-201ENST00000302708 1474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CYGB-201ENST00000293230 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 FAM53A-205ENST00000472884 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 TEX30-206ENST00000376032 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 ARAP1-AS1-201ENST00000542022 388 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 MED15P9-202ENST00000427638 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 IDH3G-202ENST00000370092 1712 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AC007967.3-201ENST00000434308 558 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 NADK2-206ENST00000506945 1437 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 SEPT9-246ENST00000592951 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 TEPSIN-213ENST00000637944 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC87Q9NVE4 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 UXT-202ENST00000335890 701 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 ABCB8-211ENST00000477092 1596 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC87Q9NVE4 SAMD11-216ENST00000620200 1874 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.4 ms