Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC012615.6-201ENST00000593201 1697 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ERCC2-205ENST00000485403 1538 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 GGT3P-201ENST00000412448 2340 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MRPL10-203ENST00000414011 1622 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 KRT18P23-201ENST00000435622 1283 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MVB12A-204ENST00000528515 686 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TMEM220-AS1-201ENST00000579114 575 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ARHGDIA-207ENST00000580685 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL023803.3-201ENST00000615559 522 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 BIN1-208ENST00000376113 1832 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ENOPH1-202ENST00000505846 1689 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NMRK1-203ENST00000376811 2050 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 LINC00535-201ENST00000501400 1914 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 DTX2-211ENST00000446600 2281 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 BCL7B-206ENST00000455335 985 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RRP7BP-201ENST00000357802 2375 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 GPS1-201ENST00000306823 1842 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC004890.2-202ENST00000463462 1494 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 GAS7-210ENST00000579158 1528 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TPPP3-201ENST00000290942 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AC215522.2-202ENST00000633163 1143 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 KDM4B-211ENST00000611640 5703 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 IRF7-202ENST00000348655 1801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC54Q8NEL0 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms