Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 CACNB3-202ENST00000536187 1872 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 POU4F3-201ENST00000230732 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 TNNI3-201ENST00000344887 840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 MEAF6-205ENST00000448519 666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 PAK4-201ENST00000321944 2555 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC21.45■■□□□ 1.03
COL9A3Q14050 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 AL031432.5-201ENST00000641059 760 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 JKAMP-201ENST00000261247 1726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 AC116353.4-201ENST00000507279 576 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ZIC3-202ENST00000370606 1968 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ACOT7-202ENST00000377842 1813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 FGFR4-202ENST00000393637 2418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 SMYD3-204ENST00000403792 1209 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
COL9A3Q14050 FNDC5-205ENST00000496770 837 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
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